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西非卡巴利亚首都费尔雷恩中卡友好医院内，一名高热并伴有呃逆的病人入院后迅速死去。经中国医疗队传染病专家郑书鹏进入斯宾塞实验室检测得知，病人感染的是致死率能够高达90%的埃博拉。中卡友好医院被紧急封锁，接诊十八床病人的医护被隔离，医疗队员们第一次意识到埃博拉的凶猛。
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中国医疗队员们对他们是否能如期平安回国惴惴不安。而郑书鹏，则对盖斯姆的安危，以及卡巴利亚疫情的发展趋势感到忧心忡忡。国内，燕都省人民医院接收到来自医疗队的汇报，因为国家卫计委已经决定派出中国疾控中心检测队，作为传染病防治的重要力量，开始为可能发生的派遣提前做准备。郑书鹏通过多个线索发现了可能的疫区——桑宜村。记者何欢根据发小甘姆的情报，进入桑宜村进行调查。
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接诊十八床病人的郑书鹏的好友盖思姆医生不治身亡，为了弥补盖思姆的遗憾，他决心前往桑宜村，为卡巴利亚的抗疫尽可能地多做点什么。燕都省人民医院接到正式通知，调员遣将组建援卡医疗队，整个医院开始紧锣密鼓地进行针对性培训和准备工作。何欢和甘姆意外撞见莫塞斯手下处理埃博拉死者尸体，被莫塞斯当成奸细想要就地处决。
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郑书鹏刚进桑宜村，就见到了何欢和老同学布拉罕。布拉罕被叫出去看病，桑宜村医院只剩下郑书鹏和何欢，却不想遇上孕妇难产。桑宜村在黑石寨的势力范围内，莫塞斯带人前来威胁挑衅，无论是郑书鹏还是何欢，在莫塞斯的威胁下，都选择了首先保护产妇。
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经过三天准备，中国医疗队和检测队整装出发。桑宜村隔离区顺利建成，疑似患者如数隔离，郑书鹏受邀参加村子里的新生仪式。谢云虎得到妻子的理解连夜打报告请求留在卡巴利亚。桑宜村的老酋长多日不能正常排尿，巫医和布拉罕都无能为力，焦急之时，郑书鹏用孙思邈的方法进行救治，老酋长果然好转。
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新医疗队刚到达，卡巴利亚突降大雨，装载紧急医疗和防护用品的货车在大坝上意外翻车，医疗物资几乎全部滚进了汹涌的江水中。在大使馆的帮助下，医疗队顺利找回遗失物资。桑宜村内，何欢拿着马克的照片到处询问，她鬼鬼祟祟的行为，引起了郑书鹏的注意。
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郑书鹏揭露何欢的一系列谎言，两人的关系变得疏远。前去教堂挑选卡方护工的中国医疗队众人担心学生经验不足难以面对埃博拉，婉拒了他们的加入。布瑞丽卡前来视察中卡友好医院的改建工作，就在布瑞丽卡准备离开的时候，一辆货车载着疑似埃博拉的病人冲进院子，病人家属乞求中国医生能够帮助他们。
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塔巴那西偷偷外出交易，卡巴利亚总参谋长埃克得到这个情报对黑石寨发动行动。炮火波及到了桑宜村，何欢与布拉罕带病人转移，劳拉也赶来帮忙。无国界医院外，谢云虎来见郑书鹏，两个损友久未相见，互相揶揄。冯刚的纠结被副队长范依林发现，他带领队员们保证将会尽全力完成医院改造和培训任务。得知了何欢真正身份的郑书鹏主动向她道歉。
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何欢将自己来桑宜村的目的对郑书鹏和盘托出，与此同时，塔巴那西也得知了莫塞斯的恶行。教堂女学生们和普通市民主动来中卡医院应召护士等工作岗位，解决了人手不足的问题。何欢主动与郑书鹏约定，疫情之后再回桑宜村。转送病人去无国界医院当天，莫塞斯突然出现。
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在多重压力之下，第二次，在病人和何欢之间，郑书鹏只能选择病人，亲眼看着何欢被莫塞斯带走，生死未卜。医院内，罗启晗早早起来体能训练，何东敏感地察觉了她的焦虑故意搞怪陪她跑步。黑石寨内，何欢生命受到威胁。华莱士带着五个盲测样本来到中卡友好医院，谢云虎热情迎接，他却在测试前就把结果告诉了廖一健。何欢被带到山顶草亭面见塔巴那西，来了一位关键人物，何欢最终得以脱险。
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转运完病人的郑书鹏回到医院给其他医护分享经历，在提到盖思姆的时候，红了眼眶。何欢，其实也曾经叫韩迎欢，被韩勇奇接回家，家中到处都是童年的回忆。中国检测队迎来首日检测，出乎他们意料的是，首日检测的样本由原定的10支增加到了24支。中国医疗队首日接诊，冯刚安排罗启晗、范依林打头阵，吴秀娟、卢晓雯、玛南和帕萨卡配合，预备大战。
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卡巴利亚运力严重不足，第一批接诊队员站在医院门口等待救护车，不想众人等了许久，救护车都没来，炎热加上层层防护，众人的体力逐渐到达极限。范依林及时发现了罗启晗的异样，冯刚见势下令第二班队员接替第一班迎接病人。伊莎贝拉带领无国界医生到达桑宜村，但桑宜村的疫情却已经恶化了。
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何欢明白，韩勇奇所做的一切都出自作为父亲的苦心，但她现在有必须要做的事。甘姆帮助何欢悄悄溜出家门。首日晚班，郑书鹏认出玛南就是盖思姆的女儿。何东的中药终于送抵卡巴利亚，次日医疗队众人喝上了保健中药。郑书鹏、何东同班，郑书鹏希望能给病人进行进一步的治疗，何东却因目前中卡友好医院还只是留观中心，心存疑虑，两人有些不欢而散。
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杨杨发现卡比亚状态不对冲进病房安抚，卡比亚逐渐平静下。何东、郑书鹏协力将病人尸体运到临时停尸房，因停尸队未按时到来，停尸房里已经放满了尸体。被死亡震撼的何东理解了郑书鹏在桑宜村时的无力。郑书鹏来到无国界医院见出院病人，意外见到了何欢。范依林在医院门口接诊，可救护车上的竟然是提莫斯。
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提莫斯入院，让全体医疗检测队员的心都揪了起来，郑书鹏申请亲自照顾提莫斯。卡比亚母子均已死亡，杨杨悲痛不已。提莫斯血液样本结果是众人都不愿看到的阳性。玛南因无钱支付房租被房东赶出来，被郑书鹏安排在医疗队驻地暂住。何欢坚持不懈地对乌尔曼提供的视频里的线索进行调查，终于查到了神秘“守门人”的真面目——瓦鲁纳·帕托。
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何东向冯刚申请给病人诊脉和拍摄舌象，得到批准。在暗中盯梢的何欢察觉帕托准备跑路，只得编造理由上前攀谈，却不想帕托早就从莫塞斯处知道何欢，一眼就认出了她。帕托将何欢劫持到车上，她暗中向紧急联系人郑书鹏求救。郑书鹏和何欢在经历了生死考验后，更加理解了对方。
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提莫斯在何东的中西医结合治疗下，一天天康复起来。医案管理会上，各方机构友好地交流着工作。为了庆祝提莫斯和玛瑞安康复出院，医疗队的队员们给两人准备了简单又正式的出院仪式，此时医院门口突然聚集起了一群自发前来求助的疑似病人，里面就有给郑书鹏和谢云虎送过一瓶棕榈油的恩德利。
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郑书鹏下班看到特意在宿舍楼外等自己的谢云虎，老友之前因工作理念分歧而生的不愉快一扫而光。卢晓雯违反了护士长吴秀娟定下的生理期特殊轮班制度，惹得吴秀娟忆起往事红了眼眶。谢云虎在梁泉的帮助下，开始了P3实验室的实地培训。提莫斯重新回到工作岗位，可病好后他却一直觉得眼睛十分难受。
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经过国内外专家以及斯宾塞实验室的大力帮助，郑书鹏明白了提莫斯眼睛异样的原因。他根据提莫斯的病历，向冯刚提出建立长效复查机制的想法并上报给卡巴利亚政府。中卡友好医院在各医疗中心的评比中排名靠前，取得了留观转诊疗的资格，众人庆祝。
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何欢放下一切工作留在卡巴利亚照顾陪伴韩勇奇，韩勇奇则对自己的病情充满忧虑，害怕传染何欢。范依林被发现发烧在床，而洗手间里的呕吐物让众人神经都紧张起来。吴秀娟因为自己没能照顾好范依林深感自责，再次想起非典往事：范依林的妻子千诺当年就是生理期替吴秀娟值班才感染病故。韩勇奇病情越发严重，他将何欢郑重地托付给郑书鹏。
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半个月后，顺利康复的范依林重回工作岗位，幸运痊愈的韩勇奇也终于亲耳听到何欢喊的“爸爸”。汤姆突然带人造访，原来是刚出院的恩德利出现了过敏症状并确诊了埃博拉，何东因所谓“擅自用药”要配合调查。通过伊莎贝拉，郑书鹏和何欢见到了在无国界医院治疗的恩德利，从中了解到了事情真相。
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罗启晗带何东出去采买，一辆运送疑似患者的救护车出了车祸。面对突发情况，罗启晗和何东两人顾不上穿戴全套防护用品就上去救人。两人回到医院后被关在各自宿舍单独隔离。经过调查，何东脱困，冯刚“训斥”郑书鹏“暗箱操作”，郑书鹏装傻充楞和冯刚默契对拳。何东带罗启晗来到何守承的墓前，直到此时，罗启晗才知道医学世家的何东父祖辈与非洲的渊源。
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劳拉病情日益严重，布拉罕建议塔巴纳西送劳拉出去救治。塞尔瑞同意为劳拉开辟出绿色生命通道，塔巴纳西带着劳拉从黑石寨前往缓冲区，目送劳拉上了受命于大使馆的由郑书鹏带领的接诊小分队的救护车，何欢也闻讯赶到…P2实验室内，连续上班的谢云虎突然昏迷。
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政府和平接手了黑石寨和桑宜村，将病人分批送往各大医院接受正规治疗。一直留在桑宜村和黑石寨治病救人的布拉罕也终于安心离开。中国留观中心升级为留观诊疗中心，何欢也终于能够兑现自己的承诺，前往中卡友好医院进行采访。几个月后，埃博拉的死亡阴霾在各国医疗公共卫生力量携手努力下逐渐散去，即将回国的郑书鹏回到曾经定下约定的桑宜村大树上，追忆往昔。
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