故事紧接上季结尾，Clarke被单独关在一个白色的房间内。当她试图弄懂自己所处的诡异环境究竟是怎么回事时，Bellamy、Finn和Raven的命运仍然未知。Lincoln和Octavia的大胆计划被一个突然回归的敌人给破坏了。与此同时，Abby、Kane和其他方舟幸存者在这个美丽而危险的新世界中必须面对身体和道德上的双重困境。Jaha做出一个英勇之举。

Clarke对所发生的一切仍然感到疑惑，于是当面要求Dante Wallace总统进行解释。Kane讯问一名地球百子成员。Abby必须在危险的环境下实施一次急救手术。与此同时，Octavia为了找到Lincoln而采取暴力手段。 Ty Olsson从本集开始扮演Lincoln部落里的遗失Nyko。他看起来很彪悍，很吓人，实际上很有同情心。他试图救治Octavia，但被Octavia误解。 此外，从本集开始会有新的片头动画。片头的起始画面和结束画面取决于当集的主要剧情——这种做法非常类似《传说》（Once Upon A Time）。 Clarke仍然对气象山的一切充满怀疑，她的好奇心令她有了一个重大发现。情况既诡异又可怕，比她看到收割者还要可怕！

Clarke发现气象山的医学区正在实施一个恐怖的项目，她决定与一个不靠谱的盟友合力揭发他们的阴谋。Abby承认自己犯下罪行，Kane被迫下令用一种残忍的方式来惩罚她。与此同时，Monty警告思想不集中的Jasper——Clarke可能有危险。Octavia继续为Lincoln而战。

Clarke遭到自己信任的人的背叛，但她决心用实际行动来证明自己不会坐以待毙。Bellamy、Finn和Murphy争分夺秒抢救一名陌生人。与此同时，Raven和Wick（Steve Talley）在一起工作时摩擦不断，两人的关系变得十分紧张。有人意外重逢。 Clarke和Anya必须相互依靠才能摆脱目前的困境，找到自己人，但是她们不会忘记第一季结尾发生的事情（Clarke下令烧死了Anya的地表人同伴）……她们无法百分之百地做到团结，但又必须团结，因此她们之间会发生许多令人意想不到的事情。至少你会在本集中看到，Clarke成了Anya的俘虏……她声称要把Clarke当做献给族人的礼物。为了逃避追捕，她们必须用烂泥巴来掩盖身上的气味……就像《行尸走肉》（The Walking Dead）的做法。

Kane试图与地表人缔结和平协议，但是此行凶险重重。与此同时，Jasper同意参与一项危险的实验。Lincoln进入一个痛苦的世界。Dante Wallace总统发出一个警告。Finn寻找Clarke的行动变得血腥而暴力。 无论你是否愿意看到Bellamy和Clarke最终成为一对情侣，他们都在本集中重逢了。从这个激情的拥抱来判断，他们的爱情或许不是「遥遥无期」的事情。 与此同时，Monty和Jasper已经几天没有看到Clarke，他们终于开始对「领袖」的去向产生怀疑（Maya一直骗他们说Clarke在医学区接受治疗）。他们或许会去询问Wallace总统，或许会继续信任Maya。总而言之，他们的情况不容乐观。更糟的是，Jasper竟然「志愿」参加一项神秘的气象山实验！他真是「志愿」的吗？如果他以某种方式参加了「塞伯鲁斯计划」（和Lincoln一样），他能活下来吗（已经证实本季会有不止一个核心角色死亡）？

Clarke亲眼目睹Finn的暴力行为，导致两人的关系变得非常紧张。Raven发现气象山正以某种方式干扰他们的通讯系统。Clarke和Raven准备返回气象山摧毁其信号发射塔，Abbie觉得这是个过于危险的任务……但她没有阻止她们，反而决定跟她们一起去。与此同时，Jasper和Monty发现了气象山基地的可怕真相。Octavia不得不面对自己最害怕的恶梦。Dante Wallace总统身边最亲密的人背叛了他。

地表人即将发动攻击，Abby决心寻找一种方法来保护自己人——即便那意味着她必须前往未知领域，或者抛弃一些俘虏。Bellamy忧心忡忡地劝说Clarke和他一起回到运输船降落地点议事。在那里，Bellamy和Octavia说出了一个危险的秘密。Clarke制定了一套大胆的新计划来阻止地表人的进攻，使得Abby必须硬着头皮做一个决定。与此同时在气象山，Jasper和Monty对新朋友的真实动机产生质疑，Tsing博士为了研究「利用囚犯」的最佳方法而实施了一次致命的实验。

Clarke带着令人沮丧的消息回到Jaha的营地。Finn必须面对自己的行为所造成的严重后果。Abby从一个不靠谱的来源获取情报，她做好了战斗准备。与此同时，回忆情节揭示了Finn和Raven在方舟上的关系，Finn也曾有过英勇之举。理论上来说，Finn目前仍然是Clarke的恋人，Clarke绝不会将Finn交给地表人（或者对Finn非常不满的方舟营地其他人）。但是现在的情况非常危急，Clarke唯一能做的就是将Finn隐藏起来。Clarke已经原谅了Finn，她知道Finn只是被爱情蒙蔽了理智，他并不是一个真正的冷血杀手。但是Finn并不原谅自己，Finn觉得自己应该主动站出来承担责任，他现在最大的危险来自他自己。无论Clarke是否能救得了Finn，本集都将对她产生重要影响，她身上会发生一些大事。Abbie将继续信任自己的女儿，但他们在一些细节问题上会争吵不休。Clarke会继续尝试与Bellamy合作。本集结束时会留下一个很大的悬念。

Clarke与Lexa和Indra达成了和平协议。Abby和Kane开始意识到他们已不再掌握决策权。怒不可遏的Raven无法控制自己的情绪。一项大胆的行动可能毁掉「天空人」与「地表人」刚刚建立起来的脆弱联盟。Clarke总是在脑海中看到一张熟悉的脸，她痛苦不堪。与此同时在气象山，Monty想出一个冒险的计划。Clarke牺牲了Finn与地表人达成和平协议，但「和平」一开始就不太平。在与地表人的礼节性「宴会」上，一名地表人的酒水中被人下毒，Clarke立刻怀疑是Raven干的。糟糕的是……地表人也这么想。另一方面，Clarke的情绪低落到极点，但她不忘告诉Bellamy：「我已经失去了Finn，我不能也失去你。」

Clarke和Lexa遭遇新敌人，危险无处不在。Bellamy和Lincoln同意合力杀开一条通向气象山的道路。Murphy帮助Jaha面对过去的梦魇。与此同时，Indra向Octavia提出一个她无法拒绝的提议。

Bellamy和Lincoln试图偷偷溜进气象山，但下场却很惨。Clarke开始进入「新领导人」的角色，她母亲Abby则竭力维持自己的控制权。与此同时，Monty和Harper仍然失踪，Jasper不顾一切地当面质问Wallace总统，要求他做出解释。制片人解释称，「光之城」（City Of Light）的故事逐渐成为主线，这是剧情的另一个重大转折点。「光之城」不仅扩展了故事空间，而且让Jaha再次有事可做。「已经到了我们进一步探索地球表面的时机，我们将弄清外面究竟有什么。」至于神秘的「冰之国度」（Ice Nation），制片人表示「冰之国度」与更大的故事线有关，但不会马上出现。地表人共有12个部落，他们是联盟关系（包括Lexa的部落）。尽管Lexa目前有能力召集12个部落举行会议，但这种联盟关系或许并不那么牢靠。

Clarke在一件事情上做得太过分了，导致她和母亲Abby的关系紧张到极点。Raven帮助Bellamy迎接气象山的艰苦挑战。Jaha和Murphy遇到一个可能表里不一的陌生女人。Octavia准备为一个自己热爱的人而战。与此同时，气象山已经到了千钧一发的关键时刻。

Clarke开始质疑Lexa的领导决策能力。Abby全力救治受伤的Kane。Indra继续给Octavia施压。与此同时在气象山，Jasper逐渐成为被困的地球百子的领袖，Cage（Johnny Whitworth）迫使Maya陷入一种危及生命的境地。

在做战斗准备的过程中，Clarke和Lexa发生激烈争论。不顾一切求援的Raven将Wick叫到了工程室。Jaha和Murphy遭遇一个危险的障碍。与此同时在气象山，Bellamy因为某种原因必须与时间赛跑。「天空人」与「地表人」的联军已经进驻气象山外围，但他们遭到毒雾武器的阻挡。他们必须等待Bellamy解除毒雾装置，否则无法继续前进。但是这么多人在气象山外是躲藏不了的……此外，你已经知道这个不是秘密的秘密……Lexa在季终之前吻了Clarke（或者是Clarke吻了Lexa）。制片人承认Lexa对Clarke是真心的，但Clarke会回报相同的「爱」吗？

Clarke和Lexa做好开战的准备，而Raven和Wick却遭遇一场重大挫折。与此同时，Octavia和Lincoln各自被迫做出一个艰难的决定。在气象山，Jasper和Maya目睹了可怕的事情，Bellamy决心实践一个诺言，Cage公开了令人震惊的「强势信息」。光之城究竟是什么？制片人称Emori（Luisa D’Oliveira）对Murphy的这句话提供了关键线索：「Everyone in the Dead Zone is looking for the City of Light. Almost no one finds it.」制片人骄傲地表示，所有关于光之城的网络猜测都是错的。

前往光之城的旅程仍在继续，Jaha采取的一项行动令Murphy深感震惊。Clarke获得意外的帮助。一个访客令Octavia颇感惊讶。Lincoln终于报了仇。与此同时在气象山，Cage决定推进自己的计划，而Bellamy和被困的地球百子拼尽全力争取自由。该剧的制片人透露，Lexa不会出现在季终集里（We do not see Lexa in the finale.），她的故事本质上已经结束。她已经做出自己的选择，而且她不会再回头。但她还活着，她仍然是地表人的领袖，不能排除今后她再次出现的可能。现在最关键的问题是，扮演Lexa的演员Alycia Debnam-Carey已成为AMC《行尸走肉》（The Walking Dead）衍生剧的常规演员，她今后再次演出《地球百子》恐怕有点困难——虽然《地球百子》的制片人称他们正在进行谈判。