北京老字号，药店同仁堂。至大清光绪年间，已绵延二百余年。老东家乐阔海已是第八代掌门。乐家老宅飞来横祸，一场大火突然而起，烧掉了存于贵重药材的细料库，还伤了乐宏达。幸而其长孙乐宏达赶到，救下“同仁堂”老匾，免于一炬。火是谁人所放？没有家贼，引不进外鬼。丫头兰香明知此事与丛玉珠有关，但闭口不说。乐阔海之子乐八爷一怒，将兰香逐出乐家。

丛玉珠原在上海唱髦儿，与总理衙门的曹化伦结识。后来流落京城，投靠乐家。曹化伦逼她偷出同仁堂秘方，正被乐阔海撞见。曹化伦情急砸伤老爷子，并放火灭迹。乐宏达大怒，要将丛玉珠逐回上海。但丛玉珠早已心仪乐宏达，被宏达之妻瑞珍看破心事。细料已被烧光，供奉御药的药银又被扣住不发，同仁堂面临无米之炊。乐宏达得知是曹化伦从中作梗，喝得铭酊大醉，路遇名妓赛金花被人寻衅，救下赛金花。

面对两路夹攻，乐八爷只好躲了。乐宏达万般无奈，釜底抽薪，以退为进，以毒攻毒，摘匾宣布停业。主管御药房的王爷大怒，传来乐宏达责问。不等乐宏达说起欠银，曹化伦就借机岔开，进谗攻击同仁堂店大欺客，是想高抬药价，建议另招其他药店专供御药。王爷一气之下照准。曹化伦和松寿堂孙掌柜在妓院密商，索性把同仁堂的老根拔掉，将其二百多年专供御药的专利给松寿堂。

同仁堂无钱购料，大查柜赵先生只好用地参代替红参入药。乐宏达发现，当众责怪赵查柜忘了同仁堂的店规“真材实料”。赵查柜一怒辞柜。乐阔海命乐宏达将赵先生请回，却又吃了闭门羹。松寿堂孙掌柜得知，忙上门请赵查柜到他店里掌柜。但赵查柜的心仍在他效力半生的同仁堂，谢绝重金礼聘。乐宏达失意回到作坊，却发现赵查柜连夜将地参药全部检出，大为感动，跪请赵查柜重回同仁堂。

西太后与光绪皇帝打赌，命同仁堂仍旧恢复供奉御药。同仁堂峰回路转，重挂老匾。巡城御史查老爷突然带兵赶来，将乐宏达抓走。原来，曹化伦故意调包，换走同仁堂供奉西太后的如意长生酒。西太后喝了假酒病倒，欲问乐宏达死罪。徐瑞珍和兰香心知蹊跷，冒死拦官车喊冤，拦住大太监李莲英。但李莲英不敢接状。侠肝义胆的艺人响九霄挺身而出，借在宫中唱戏之机，以古讽今，说明真相。

李莲英奉旨追查。因牵连下狱的白太监疯了，招认他扣了御药银子放高利贷。王爷严刑审问乐宏达，乐宏达抢过如意长生酒饮下，以证明此药无毒。西太后隔窗看得一清二楚，下旨发还御药银子，宣布乐宏达无罪。经此大波大澜，乐家各房一致同意，由乐宏达接过同仁堂堂印，成为第十代掌门。

乐宏达得知吴老大病重，宁冒抗旨之罪，带药赶往他的的住处。不料，吴老大因误服了松寿堂的假药，已抱恨而死。乐宏达深受刺激，踉跄归家，将病家赠送的匾额、幛子统统扯了下来。乐阔海又惊又怒，要罢掉乐宏达的掌门，收回堂印，乐宏达坚持：病人不分大小，皇上要吃药，老百姓也要吃药！乐阔海和徐瑞珍等无不动容，却又为宏达担心。大太监李莲英患病，乐阔海亲自上门诊脉，送上新药安神养荣丸。

乐宏达故意告诉李莲英：新药未卖民间，临床效果不敢保险。说得李莲英心里七上八下，想吃又不敢吃。日本间谍小野是曹化伦的主子，为了抓住把柄，他化装成叫花子亲自出马，倒卧在乐家门前，骗取乐宏达同情。乐宏达果然中计，命兰香给叫花子送药。“把柄”由曹化伦转到王爷手里。乐宏达浑身是口也说不清楚了。眼看乐宏达要被抓走，徐瑞珍上堂坦然回话：这几丸药不是同仁堂的，而是她从松寿堂买来的。

乐宏达欲求京城第一大书法家、大学士翁同和为同仁堂写付对子：“修合无人见，存心有天知。”但翁同和一口拒绝。翁同和丢失了一只饲养的家鹤，寝食难安。乐宏达主动为其寻找，但捡到鹤的白云观，老道却趁机敲诈财钱。乐宏达紧紧盯著老道，话锋一转，告诉他：因为炼丹，老道已水银中毒，七日之内必有大灾。

乐宏达为翁同和找回丢失的爱鹤，送交翁府。翁同和大为感动，正想命笔送字，中日甲午战争爆发，皇上急传翁同和上朝。对联只好留待他日。兰香的父亲胡七是清军的军官，奉命前往朝鲜作战。临行前将兰香托给乐家。乐阔海慨然应充，收兰香为孙女。乐宏达满怀爱国热情，决意捐献十万包“诸葛行军散”供军前使用。兰香女扮男装，陪乐宏达前去药材重市祁州购买配药用的犀牛角。不想犀牛角竟高出行市数倍。

乐宏达探出，松寿堂孙掌柜在祁州捣鬼，故意高抬药价。他前往四大行，与孙掌柜当面竞价，买下全部犀牛角。但为此欠下四大行八千两银子，说好年底归还。曹化伦灌醉乐八爷，并故意将他送回作坊，将赵查柜支开，在药料中下了毒。伙计柱子闹肚子，吃了两包刚制好的行军散，反而上吐下泻。乐宏达大惊，用自己做实验，也吃了两包，果然吐泄不止。他明白药里被人做了手脚。

乐宏达登门找曹化伦问罪。曹化伦自知阴谋败露，跪地求饶。乐宏达心中雪亮，却故意放他一马，要他对丛玉珠明媒正娶，给她个名份。丛玉珠出嫁前夕，向宏达倾诉恋情，要与他做一夜夫妻。宏达极力克制炽烈情感，使窗外偷听的兰香对他更加崇敬。丛玉珠的婚礼十分隆重，却传来了清军战败、胡七阵亡的消息。乐宏达下令：乐家大办白事，祭奠为国捐躯的胡七爷。

正当兰香哭得死去活来时，胡七却回来了。胡七力斩日军，受伤未死，从死人堆里爬出来，逃回北京，只想再见女儿一面。查御史来抓“逃兵”胡七。乐宏达让胡七扮做外地来的哑巴护院，隐藏下来。年关即到，祁州四大行来讨八千两欠帐。乐宏达竭力仍凑不齐。松寿堂孙掌柜又乘机挑拨，四大行聚众在同仁堂坐等。乐阔海断然提出卖掉祖传的老宅子还帐。

小野化妆成买房人上门，提出要将细料库连锅端。乐氏祖孙不为所动，反而以低于市价的价钱和另一家成交。就在签约前的一刹那，四大房的首户陈雨亭无意中得知：乐宏达欠银是为了捐献前方十万包诸葛行军散，而陈雨亭的儿子也在前线抗敌。他大为感动，爱国心陡增，代表四大行决定：犀牛角价钱仍以市价结算，用不著乐家卖老宅了。

乐宏达又到翁府上求那副久而未写的字。却正遇上翁同和开缺回籍，行将被押解上路。翁同和百感交集，为同仁堂写下修合无人见，存心有天知。朝廷正在捉拿维新党，曹化伦偷机偷错了门，也被严加追捕，无处躲藏。丛玉珠只好恳求东家。乐宏达和徐瑞珍不看大人也得看丛玉珠肚里的孩子，勉强将曹化伦藏在宅中。曹化伦刚缓过气来，又打兰香的主意。乐家全家大怒，要将曹化伦送官严办。

乐阔海最终还是下不了手，毕竟曹化伦是从小在乐家长大的呀。他痛斥曹化伦后，从地道里放走了他。徐瑞珍一直不育，她做主将兰香嫁给乐宏达做二夫人，为乐家传宗接代。曹化伦经过小野的活动，官复原职。他疯狂地报复乐八爷，乐八爷酒后失言，使曹化伦得知教训过他的哑巴护院竟是胡七。

曹化伦向查御史报案，逼他前去捉拿胡七。查御史良心发现，给乐家通风报信，暗示胡七逃走。胡七却不愿苟且偷生，挺身投案。乐阔海想让胡七再和女儿见上最后一面，但兰香却为丛玉珠接生去了。北京闹开义和团，响九霄和乐八爷都成了团民。八国联军入侵北京。王爷下令开炮打使馆。曹化伦却游说他炮口抬高一寸，留个后步。结果，炮弹打进了大栅栏，轰塌了一条街。同仁堂也未能幸免。

乐阔海命乐宏达带著徐瑞珍和兰香避难祁州。兰香已有身孕，乐阔海要保住同仁堂的下一辈。不想，乐宏达一行却在途中遇到打劫，贼人亮出钢刀，要杀人劫财了。贼人们发现乐宏达一行并非是他们想像的贪官污吏，而是同仁堂的乐家。谁没生过病？谁没吃过同仁堂的药？他们下不去手了，放过了乐宏达一家。曹化伦领著小野和日本兵来抄乐家。

乐阔海早把生死置之度外，拒不交出秘方。他还冷嘲热讽，请日本军官品尝他的如意长生酒。他在酒中已放了一味加料的药材“砒霜”，与日本军官同归于尽。响九霄刀劈鬼子，被敌人追赶。因得丛玉珠掩护而脱险。乐宏达惦记爷爷，偷偷回到北京，看到的却是爷爷未寒的尸骨。小野抓走乐宏达，并逼查御史审问。查御史受尽小野侮辱，但对乐宏达爱莫能助。

丛玉珠心急如焚，去求小野，以自己身体换回乐宏达的三天自由--小野同意乐宏达处理祖父丧事，以三天为限。其实是欲擒故纵，想从他手中得到秘方。同仁堂秘方祖传，是每一代掌门临终时才传给下一代接班人的。但乐阔海身遭非命，未能面传宏达。难道十代秘方就此失传了吗？兰香惦记丈夫，不顾身孕，悄悄追来。她和宏达从乐阔海绝命诗中得到启示，找到了乐阔海藏起的老匾和秘方。

曹化伦溜进东宅检查寿材，被响九霄巧妙地阻挡过去。朝廷下旨，命王爷为议和大臣与联军谈判，流落街头的王爷重回王爷府。丛玉珠愤然离开曹化伦找到响九霄家，倾吐了爱慕之情。出殡之日，曹化伦堵在城门，拦路劈棺。乐宏达、徐瑞珍拼死抗争。赛金花赶来“哭灵”，将棺材掩护出城，暂存古庙。乐宏达再次入狱。

兰香欲用药典换取乐宏达性命，遭到乐宏达怒责。小野威胁曹化伦。曹化伦意识到秘方所在，深夜前去古庙，要开棺取方，不料，已故的乐阔海居然坐了起来，曹化伦魂飞魄散，在逃跑中跌下马来活活摔死。原来这乐阔海是响九霄扮的。他和徐瑞珍已抢先开棺取走秘方。联军撤出北京，同仁堂历经磨难，挂匾重张。但乐宏达已病入膏肓，兰香的孩子满岁抓周，偏偏抓到了同仁堂秘方。乐宏达含笑离开人世。